對于輕度霉變的飼料或原料，可經過處理后與其他飼料配合使用，不要作為畜禽的“主糧”；對于嚴重霉變的飼料，因處理成本過高，還是全部廢棄為好。霉變飼料的處理方法主要有以下幾種：

剔除法 適用于秸稈、顆粒飼料 一旦出現霉變，直接把發霉變質的部分剔除干凈即可。

水洗法 適用于籽實飼料 籽實類飼料出現霉變，可先將發霉的飼料粉碎，倒入缸中，加3~4倍水攪勻，以后每天換水攪拌兩次，直到浸泡的水由茶色變成無色為止。

晾曬法 適用于大量秸稈飼料 主要用于大量秸稈飼料。方法是先將發霉飼料置于陽光下曬干，然后進行通風、抖松，以除去霉菌。

加熱法 適用于餅粕類原料 對于餅粕類原料，在150℃溫度下焙烤30分鐘，或用微波爐加熱8~9分鐘，可使其中的黃曲霉素破壞48%~61%。

脫胚法 適用于玉米類籽實飼料 玉米霉變后，其毒素主要集中在胚部。先將玉米磨成直徑1.5~4.5毫米的小顆粒，再加5~6倍水，然后進行攪拌，胚部碎片因輕而浮在水面上，將其撈出或隨水倒掉，如此反復數次，即可達到去毒的目的。

石灰水浸泡法 適用于玉米、高粱類籽實飼料 適宜于玉米、高粱等籽實類飼料。方法是先將玉米等大粒發霉飼料粉碎成直徑1.5~5毫米的小粒（高粱等籽粒較小，可不粉碎），再將經過120目篩后的石灰粉按0.8~1%的比例摻入發霉飼料中，然后將摻入石灰粉的料和水按1∶2的比例倒入容器中攪拌1分鐘，靜置5~8小時，將水倒出，用清水連續沖洗2~3次，曬干后便可使用。有資料表明，在霉變的飼料中添加5%的生石灰，可去除90~99%的毒素。

氨水法 適用于糠麩類飼料 適宜于糠麩類飼料。方法是每千克飼料用氨水12.5克，在容器內攪拌均勻后，用塑料布密封，在室溫20℃、經7天去毒率達87.5%以上；室溫40℃、經5天去毒率達90%以上。

堿煮法 適用于籽實類飼料 方法是按100千克發霉飼料加3倍水、500克蘇打粉（或1千克石灰）的比例混勻、共煮，至飼料裂開時止，待其冷卻后再用清水沖洗，除去堿味即可使用。

吸附法 黏土和沸石（其主要成分為硅鋁酸鹽）既能促進畜禽的生長發育，又具有很強的吸附作用，在飼料中添加0.5%的黏土或沸石，可以吸附飼料中的霉菌毒素。

發酵法 利用乳酸桿菌進行發酵，在酶的作用下，使黃曲霉素毒性降低。用這種方法處理飼料，不僅可降低飼料中霉菌毒素的毒性，還可增加飼料營養（菌體蛋白），改善適口性。

農民朋友也可以選擇防霉劑來防止飼料霉變。飼料防霉劑種類很多，目前使用最廣泛的是丙酸及其鹽類。丙酸的防霉效果優于其鹽類，但丙酸具有腐蝕性和刺激性氣味。二丙酸銨的防腐效果與丙酸相近，且克服了丙酸具有腐蝕性及刺激性氣味的缺點。除了使用單一型的防霉劑外，目前國際使用防霉劑的發展趨勢是采用復合型防霉劑，它們是多種有機酸防霉劑按一定比例配合而成。這種復合型防霉劑可以拓寬抗菌譜范圍，增強防霉效果。