首先，原料供應面臨斷檔和成本上升之苦。
目前，東北及內地農戶和貿易商手中余糧所剩無幾，玉米深加工企業很難從市場上采購到的足夠的生產原料，絕大部分企業的原料主要來源于國儲與地儲玉米的輪換，但這部分玉米數量有限。
近日，雖然有關機構面向市場定向銷售了200萬噸左右的超期儲存與嬸?囤儲存的玉米，但這部分玉米質量偏差，加上定向銷售前不公布儲存庫點，以及不安排時間讓競賣的企業驗看待拍的玉米質量，很多深加工企業并不能競買到合適的玉米。更為重要的是，山東、河南及南方部分地區同類的玉米數量有限，加上成交率很高，很快這類玉米的供應也會中斷。未來很多地區尤其是內地玉米深加工企業很可能會處在“巧婦難為無米之炊”境地。
由于供應不斷趨緊，玉米深加工企業只有抬價采購，這造成國內玉米期貨價格出現了同步上漲，部分企業雖然通過在玉米期貨市場進行買入套保操作規避了價格上漲風險，但終究無法解決原料采購困難的問題。而沒有進行類似期現貨結合套保操作的企業更是苦不堪言，將面臨生產成本上升和原料供應隨時可能斷檔的雙重壓力。當前玉米深加工企業十分希望大量的政策性庫存玉米入市。
其次，玉米深加工企業生存環境存在較大差異，生存環境差的企業擔心“掉隊”。
“吉林省內的玉米深加工企業日子比我們過得好，人家有當地政府的扶持。”在黑龍江等地的玉米深加工企業采訪時記者經常可以聽到這樣的話。據記者了解，針對近年來玉米深加工企業所面臨的各種困難，吉林省有關機構從各方面給予了大力扶持，突出的表現是對采購當地產玉米的企業進行財政補貼，如從去年10月1日至今年6月30日，吉林省有關部門對采購當地產玉米的企業會給予150元/噸的補貼，折合到玉米淀粉的生產成本上，就是降低了200元/噸左右，這不僅讓吉林省內的玉米深加工企業有錢賺，而且也增加了這些企業產品的市場競爭力。
從全國范圍來看，東北地區的玉米深加工企業又與內地的企業有著不同的生存環境，如全國玉米深加工企業產品的銷售市場是一樣的，政策性庫存玉米拍賣底價全國基本是一致的，但產品運到銷售市場的運費卻是存在很大差異的。在東北地區的部分玉米深加工企業記者發現，把生產出來的淀粉運往內地銷售，光運費每噸就要200多元。
由于生存環境不同，很多生存環境不佳的玉米深加工企業擔心在市場競爭中會敗下陣來，也擔心這會影響玉米產業的合理布局。
