1、原料的控制和安全貯存
飼料原料是安全飼料生產的第一個控制點，有些植物性飼料原料在生長過程中由于受病蟲侵害而大量使用農藥防治，造成谷物產品的農藥殘留大大超標，飼料廠在接收原料時應加強對農藥殘留的檢測。另外，工業生產所排放的廢水、廢氣對飼料原料污染也相當嚴重。
目前，飼料生產企業由于檢測設備的限制，大多數對農藥殘留和工業污染原料未加檢測，這是安全飼料生產的一大隱患，飼料生產者應引起足夠重視。飼料原料水分是安全貯存的關鍵，尤其是一些剛收獲的植物性原料，水分一般都達不到安全貯藏的標準，貯藏過程中原料極易受霉菌的污染產生大量霉菌毒素，使生產的飼料品質惡化。因此，需要改善原料的貯存條件和控制飼料原料的水分（安全水分在12％以下），盡可能減少霉菌的污染，這是一個最有效、最積極的方法。許多原料處理時由于經濟的原因，不可能達到相當干燥的程度。采用防霉劑控制霉菌滋生是一個有效的措施，然而防霉劑不能去除原料中已有霉菌毒素，因此必須在霉菌污染發生之前盡早地采取霉菌控制措施。
目前，由于飼料原料供應緊缺，原料摻假現象十分嚴重，飼料原料的摻假給安全飼料生產帶來困擾。因此，在接收原料時要通過嚴格的化驗，確認是否符合質量標準，堅決杜絕不合格原料進廠。
飼料中大部分原料為玉米，通常貯存在立筒倉內，尤其是鋼板倉，由于晝夜氣溫差別較大易引起貯存原料的水分蒸發和水蒸氣的結露，使靠近立筒倉壁的部分原料含水量偏高，如長期貯存易使原料產生霉變。所以應加強立筒倉內原料的管理，可通過翻倉等辦法減少原料的水分以保證貯存原料的安全。
2、原料的清理
在飼料加工中，人們往往重視飼料原料中的大型雜質和磁性雜質的清理以保證飼料加工設備的安全，而對飼料中小型雜質的清理常常忽視。這些小型雜質成分復雜，是各種有害微生物滋生的場所，當原料中水分和溫度適宜其生長時，原料的營養又是其培養基，使其快速生長產生大量有害物質，對飼料安全構成威脅。因此飼料生產中對小型雜質也要進行清除以有利于飼料的安全，保證產品質量。
